CEBAM wordt gefinancierd door de Federale Overheidsdienst Volksgezondheid, de Veiligheid van de Voedselketen en Leefmilieu en door het Rijksinstituut voor Ziekte en Invaliditeitsverzekering (RIZIV).
 
Verder omvat de directieraad van elke Belgische universiteit minstens één medewerker.
 
CEBAM werkt nauw samen met de Vlaamse en Franstalige verenigingen voor huisartsen, respectievelijk Domus Medica en La Société Scientifique de Médecine Générale (SSMG).
 
CEBAM is als Cochrane Belgium de Belgische vertegenwoordiger van Cochrane, een internationale non-profit organisatie die de productie en verspreiding van geloofwaardige gezondheidsinformatie promoot.
 
CEBAM is ook vertegenwoordigd in het EBMPracticeNet. Dit is een consortium van EBM-producenten die via een elektronisch platform hun producten aan zorgverstrekkers ter beschikking stellen.